เนื้อเรื่องMEGAMAN ZERO 1-2

100 ปีให้หลังระหว่างการต่อสู้กับซิกม่า เอ็กซ์และเซโร่ 2 เรพลิลอยด์ผู้ช่วยโลกไว้ ได้สิ้นสุดลง แต่หลังจากนั้น เซโร่ได้หายตัวไป เหลือเพียงนักรบเพียงหนึ่งเดียวที่ยังต่อสู้กับอิเรกุลาร์ที่หลงเหลืออย่างเพียงลำพัง เอ็กซ์ต่อสู้กับเหล่าเรพลิลอยด์ที่เป็นอิเรกุลาร์เพื่อสร้างความสงบสุข นานและนานมากจนถึงยุคแห่งมหานครเนโออาคาเดีย มหานครแห่งสันติภาพและเป็นเมืองในอุดมคติที่แท้จริงของมนุษย์ และจากมติการประชุมของสภาฝ่ายรัฐบาลของเมืองได้เลือกให้เอ็กซ์เป็นผู้ปกครองเมืองแห่งนี้ โดยให้ศักดิ์สูงเป็นระดับเทพ ดูเหมือนว่าโลกใบนี้คงจะไม่มีเรื่องเลวร้ายต่อไปอีกแล้ว ...